Основан как острог в 1604 году.
С 1629 года Томск получает статус города, центра сибирской области.
С XVIII века самый развитый торгово-ремесленный город Сибири.
В 1726 году причислен к Тобольской провинции как уездный город.
В 1782 году Томск получает важный статус областного города Тобольского наместничества. Затем, после того как был создан Сибирский тракт, Томск становится центром транзитной торговли. Постепенно город становится региональным административным центром и уже в 1804 году становится центром огромной Томской губернии. Губерния в те времена включала в себя территории Алтайского края, Новосибирской, Кемеровской и Томской областей, Восточно-Казахстанской области и часть Красноярского края.
К началу XX века в Томске насчитывалось 208 заводов и фабрик. Кроме традиционных кожевенных ,салотопенных, свечных, кирпичных предприятий, в городе организуются гильзовое, мебельное, конфетное производства. К тому времени в Томске проживало свыше 25 тысяч человек, было построено 13 тысяч зданий, из них 6 тысяч жилых домов. В городе было электрическое освещение, трамваи, телефонная сеть. Будучи торгово-промышленным центром, Томск опередил все прочие города Ссибири. Его значение центрального склада крупных русских сибирских фирм росло с каждым годом.
Город приобрёл известность научного и культурного центра. В 1888 году в Томске открылся первый в Сибири университет, в 1900 году Технологический институт, высшее техническое учебное заведение, а затем Высшие женские курсы. В городе работали 59 гимназий, училищ, школ, три публичные библиотеки, театр, отделение Московского общества сельского хозяйства, городские общества садоводства, охоты, содействия физическому развитию детей, отдел Русского музыкального общества.
Февральскую революцию 1917 года томская профессура бурно приветствовала вместе со всей российской интеллигенцией. После падения монархии партия октябристов, как и другие монархические организации, распалась, все либералы консолидировались вокруг кадетской партии, к которой примкнули и многие бывшие влиятельные октябристы.
Временная Сибирская областная дума была учреждена в Томске на Чрезвычайном Сибирском областном съезде, проходившем в конце 1917 года.
Дума начала свои работы 20 (28) января 1918 года в помещении Томской продовольственной управы, состояла из эсеров, представителей организаций коренных народов Сибири (алтайцев, татар, бурятов, якутов и др.) и переселенцев (поляков, немцев, украинцев и др.), а также представителей меньшевиков и сибирских областников. Председателем думы был избран эсер, гласный Иркутской городской думы И. А. Якушев.
26 января (8 февраля) 1918 года председатель Томского совета рабочих и солдатских депутатов Н. Н. Яковлев распустил Сибоблдуму и образованные ею структуры. 20 депутатов думы было арестовано, но оставшиеся на свободе на следующий день подпольно избрали Временное Сибирское правительство и обратились к населению Сибири с двумя декларациями.
31 мая 1918 г., после падения советской власти в Томске в результате выступления Чехословацкого корпуса было создано новое Сибирское Временное правительство, главой которого стал П. В. Вологодский.
3 ноября 1918 г. ВСП передало власть Уфимской Директории, автоматически перейдя в состав ее министров, а после свержения ее при их же участии – вошли в состав Омского правительства.
До конца декабря 1919 г. Томск оставался под контролем "белых" властей. 27 декабря 1919 г. в город вошли части РККА.
